HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA

Yeni, Yeni dan Daryono Hadi Tjahjono, Daryono HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA. HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA.

Preview

Text 189-73-6520-1-10-20190410.pdf Download (1MB) | Preview

Abstract

Glioma merupakan jenis tumor otak ganas primer. Adanya glioma dapat ditandai
dengan mutasi R132H pada Isocitrate dehydrogenase tipe 1 (IDH1). IDH1
(R132H) yang mengandung epitop imunogenik yang spesifik terhadap tumor dan
cocok untuk dijadikan vaksin perlu diketahui strukturnya. Oleh karena itu, perlu
dilakukan homology modeling epitop IDH1 (R132H). TMHMM, MEMSAT-SVM dan
MEMSAT3 digunakan untuk memprediksi topologi transmembran IDH1 (R132H).
Analisis epitop-epitop IDH1 (R132H) dilakukan menggunakan NetMHCII dan
IEDB. Epitop-epitop hasil analisis diprediksi antigenisitasnya dengan
menggunakan VaxiJen sehingga didapatkan 91 epitop. Homology modeling
epitop-epitop yang memiliki kemungkinan sebagai antigen dilakukan dengan
menggunakan Modeller, I-TASSER dan (PS)2. Hasil homology modeling epitopepitop
IDH1 (R132H) divalidasi dengan MolProbity, ProSA-web dan QMEAN.
Kemudian dipilih satu model 3D dari tiga model hasil homology modeling untuk
setiap epitop dan dilakukan refinement pada struktur Epitop-1 sampai Epitop-91
dengan menggunakan GalaxyRefine dan GROMACS untuk minimisasi energi.

Item Type:	Article
Subjects:	R Medicine > R Medicine (General) R Medicine > RS Pharmacy and materia medica
Divisions:	Fakultas Keguruan & Ilmu Pendidikan > Pendidikan Ekonomi
Depositing User:	Furqon FFS
Date Deposited:	19 Dec 2019 05:49
Last Modified:	19 Dec 2019 05:49
URI:	http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/788

Actions (login required)

View Item