eprintid: 788
rev_number: 7
eprint_status: archive
userid: 1193
dir: disk0/00/00/07/88
datestamp: 2019-12-19 05:49:26
lastmod: 2019-12-19 05:49:26
status_changed: 2019-12-19 05:49:26
type: article
metadata_visibility: show
creators_name: Yeni, Yeni
creators_name: Daryono Hadi Tjahjono, Daryono
creators_id: yeni@uhamka.ac.id
corp_creators: UHAMKA
title: HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA
ispublished: pub
subjects: R1
subjects: RS
divisions: sch_med
abstract: Glioma merupakan jenis tumor otak ganas primer. Adanya glioma dapat ditandai
dengan mutasi R132H pada Isocitrate dehydrogenase tipe 1 (IDH1). IDH1
(R132H) yang mengandung epitop imunogenik yang spesifik terhadap tumor dan
cocok untuk dijadikan vaksin perlu diketahui strukturnya. Oleh karena itu, perlu
dilakukan homology modeling epitop IDH1 (R132H). TMHMM, MEMSAT-SVM dan
MEMSAT3 digunakan untuk memprediksi topologi transmembran IDH1 (R132H).
Analisis epitop-epitop IDH1 (R132H) dilakukan menggunakan NetMHCII dan
IEDB. Epitop-epitop hasil analisis diprediksi antigenisitasnya dengan
menggunakan VaxiJen sehingga didapatkan 91 epitop. Homology modeling
epitop-epitop yang memiliki kemungkinan sebagai antigen dilakukan dengan
menggunakan Modeller, I-TASSER dan (PS)2. Hasil homology modeling epitopepitop
IDH1 (R132H) divalidasi dengan MolProbity, ProSA-web dan QMEAN.
Kemudian dipilih satu model 3D dari tiga model hasil homology modeling untuk
setiap epitop dan dilakukan refinement pada struktur Epitop-1 sampai Epitop-91
dengan menggunakan GalaxyRefine dan GROMACS untuk minimisasi energi.
publisher: Farmasains
full_text_status: public
publication: HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA
refereed: TRUE
citation:   Yeni, Yeni dan Daryono Hadi Tjahjono, Daryono   HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA.  HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA.       
document_url: http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/788/1/189-73-6520-1-10-20190410.pdf