eprintid: 22146
rev_number: 8
eprint_status: archive
userid: 3858
dir: disk0/00/02/21/46
datestamp: 2023-04-02 11:03:38
lastmod: 2023-04-02 11:03:38
status_changed: 2023-04-02 11:03:38
type: thesis
metadata_visibility: show
creators_name: Silviani, Safirah Nisa
creators_name: Rachmania, Rizky Arcinthya
creators_name: Yeni, Yeni
title: IMULASI MOLECULAR DOCKING DAN MOLECULAR DYNAMIC
SENYAWA-SENYAWA PADA BIJI NANGKA (Artocarpus heterophyllus
Lam.) TERHADAP RESEPTOR PEROXISOME PROLIFERATOR
ACTIVATED RECEPTOR GAMMA SEBAGAI ANTIDIABETES
MELITUS TIPE II
ispublished: pub
subjects: R
subjects: RS
divisions: 48201
abstract: Diabetes melitus tipe 2 terjadi akibat tubuh tidak bisa menggunakan produksi
insulin dengan efektif, sehingga kadar glukosa normal dalam darah tidak
tercapai.PPARγ berperan dalam proses sensitisasi insulin, dan digunakan sebagai
target terapi diabetes melitus tipe 2. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui
senyawa yang memiliki aktivitas lebih baik dari biji buah nangka dibandingkan
obat antidiabetes melitus yaitu golongan tiazolidindion dan menguji kestabilan
senyawa biji buah nangka. Metode yang digunakan untuk penelitian ini yaitu
Molecular docking dan molecular dynamic. Ligan yang digunakan terdiri dari
ligan pembanding pioglitazon, dan delapan belas senyawa ligan dari biji buah
nangka. Sedangkan untuk reseptor yaitu PPAR gamma dengan kode pdb 2XKW.
Docking dilakukan menggunakan PLANTS. Simulasi molecular dynamics
menggunakan aplikasi GROMACS. Hasil penelitian dari delapan belas senyawa
ligan biji buah nangka diperoleh nilai score CHEMPLP terendah dan memenuhi
syarat Lipinski’s Rule of Five adalah kuwanon c dengan nilai -98.0631 kkal/mol.
Pada simulasi molecular dynamics dilihat parameter yaitu energi potensial,
RMSD, RMSF. Hasil trajektori kuwanon c molecular dynamic yang fluktuatif dan
cenderung tidak stabil. Dapat disimpulkan kuwanon c tidak stabil maka dari itu
tidak dijadikan kandidat obat antidiabetes melitus tipe 2.
Kata Kunci: Diabetes Melitus Tipe 2, Ppargamma, Molecular Docking,
Molecular Dynamic.
date: 2020
date_type: completed
full_text_status: public
institution: Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA
department: Fakultas Farmasi dan Sains
thesis_type: bachelor
thesis_name: bphil
referencetext: Aini FN, Santoso B. 2017. Interaksi 4R06 - Native dengan Isoform Gamma dari
Reseptor Peroxisome Proliferator - Activated menggunakan PyRx. The
5th University Research Colloquium (URECOL), 1200–1204.
Allen MP. 2004. Introduction to Molecular Dynamics Simulation. Computational
Soft Matter, 23, 1–28.
Amalia R, Ruswanto. 2019. Molecular Dinamik Senyawa Turunan Benzimidazol
Sebagai Inhibitor Kolinestrase. Fakultas Ilmu Kesehatan, Universitas
Perjuangan Tasikmalaya.
American Diabetes Association. 2011. Diagnosis And Classification Of Diabetes
Mellitus. Diabetes Care.
Arba M. 2019. Buku Ajar Farmasi Komputasi. Yogyakarta: Deepublish.
Asmara A. 2015. Penentuan Metode Komputasi Untuk Analisis Hubungan
Kuantitatif Struktur dan Aktivitas Senyawa Turunan Triazolopiperazin
Amida. Universitas Islam Negeri Ar Raniry.
Astawan M, Kasih AL. 2008. Khasiat Warna-Warni Makanan. PT Gramedia
Pustaka Utama, Jakarta.
Astuti AD, Mutiara AB. 2012. Simulasi Dinamika Molekuler Protein Dengan
Aplikasi GROMACS. Universitas Gunadarma.
Baliga MS, Shivashankara AR, Haniadka R, Dsouza J, Bhat HP. 2011.
Phytochemistry, Nutritional and Pharmacological Properties of
Artocarpus heterophyllus Lam (jackfruit): A review. Food Research
International, 44(7), 1800–1811.
Bhat V, Mutha A, Dsouza MR. 2017. Pharmacognostic and Physiochemical
Studies of Artocarpus heterophyllus Seeds. International Journal of
ChemTech Research, 10(9), 525–536.
Bowen J. 2012. Kimia Komputasi dan Desain Obat dengan Bantuan Komputer.
Dalam J. Manurung (Ed.) Wilson & Gisvold: Buku Ajar Kimia Medisinal
Organik dan Kimia Farmasi (11th ed.). Jakarta: Penerbit Buku
Kedokteran EGC.
Coman C, Socaciu C. 2012. Plants and Natural Compounds with Antidiabetic
Action. Notulae Botanicae Horti Agobotanici, 40, 314–325.
Cook CL, Johnson JT, Wade WE. 2008. Pharmacotherapy Principles and
Practice. New York: Mc. Graw-Hill Inc.
Departemen Kesehatan Republik Indonesia. 2005. Pharmaceutical Care untuk
Penyakit Diabetes Mellitus. Jakarta: Direktorat Bina Farmasi Komunitas
Dan Klinik. 
Dermawan D, Sumirtanurdin R, Dewantisar D. 2019. Molecular Dynamics
Simulation of Estrogen Receptor Alpha Against Andrografolid as Anti
Breast Cancer. Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and
Technology, 6(2), 65–76.
Duchowicz PR, Castro, E. A. (2009). QSPR Studies on Aqueous Solubilities of
Drug-Like Compounds. International Journal of Molecular Sciences, 10,
2558–2577.
Dwitiyanti, Efendi K, Rachmania RA, Septiani R. 2019. Aktivitas Ekstrak Etanol
70% Biji Nangka (Artocarpus heterophyllus Lam.) dalam Penurunan
Kadar Gula Darah Tikus Diabetes Gestasional Yang Diinduksi
Streptozotocin. Jurnal Jamu Indonesia, 4(1), 1–7.
Elevitch CR, Manner HI. 2006. Artocarpus heterophyllus (Jackfruit).
Agroforestry, 1(1), 1–17.
Farkhani A. 2012. Analisis Dinamika Molekuler Hasil Penambatan Kompleks αGlukosidase dengan Sulokrin. Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, Depok.
Fatimah RN. 2015. Diabetes Melitus Tipe 2. Medical Journal of Lampung
University, 4(5), 93–101.
Fitriah. 2014. Polimorfisme gen sitokrom P450 2C8, sitokrom P450 1A1,
Sitokrom P450 1B1 pada kasus gagal obat Artemisinin-Based
Combination Therapy (Artesunat-Amodiakuin) di Sumba, Indonesia.
Tesis. Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Jakarta.
Gustina NMRA. 2012. Aktivitas Ekstrak, Fraksi Pelarut, dan Senyawa Flavonoid
Daun Sukun (Artocarpus altilis) terhadap Enzim α-Glukosidase sebagai
Antidiabetes. Institut Pertanian Bogor.
Guyton A, Hall J. 2007. Buku Ajar Fisiologi Kedokteran (9 ed.). Jakarta: EGC.
Habor A. 2010. Peroxisome Proliferator Activated Receptors. FARMACIA, 58(1),
13–20.
IT IS.gov. 2020. https://itis.gov/servlet/SingleRpt/SingleRpt?search_topic=TSN
&search_value=184183#null. Diakses tanggal 28 Desember 2020.
Ikawati Z. 2016. Farmakologi Molekuler: Target Aksi Obat dan Mekanisme
Molekulernya. Yogyakarta: Universitas Gajah Mada Press.
International Diabetes Federation. 2015. Diabetes ATLAS seventh edition.
International Diabetes Federation.
Iqbal M. 2017. Modifikasi Secara In Silico Terhadap Senyawa Kapsaisin Sebagai
Inhibitor Protein Antiapoptosis Bcl-2 Pada Sel Kanker Pankreas. Institut
Pertanian Bogor.
Jadhav P B, Yadav AR, Gore MG. 2015. Concept of Drug Likeness in
Pharmaceutical Research. International Journal of Pharma and Bio
Sciences, 6(4).
Jannah H, Sudarma IM, Andayani Y. Analisis Senyawa Fitosterol Dalam Ekstrak
Buah Buncis (Phaseolus vulgaris L.). Universitas Mataram.
Kaneto H, Kajimoto Y, Miyagawa JI, Matsuoka T, Fujitani Y, Umayahara Y,
Hanafusa T, Matsuzawa Y, Yamasaki Y, Hori M. 1999. Beneficial
Effects of Antioxidants in Diabetes Possible Protection of Pancreatic bCells Against Glucose Toxicity. DIABETES, 48, 2398–2406.
Katzung B, Masters S, Trevor A. 2014. Farmakologi Dasar dan Klinik Edisi 12.
Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC.
Kitchen DB, Decornez H, Furr J R, Bajorath J. 2004. Docking and scoring in
virtual screening for drug discovery: methods and applications. Nature
Reviews Drug Discovery, 3, 935–949.
Korb O, Stützle T, Exner TE. 2006. PLANTS: Application of Ant Colony
Optimization to Structure-Based Drug Design. International Workshop
on Ant Colony Optimization and Swarm Intelligence, 247–258.
Kroker AJ, Bruning JB. 2015. Review of the Structural and Dynamic Mechanisms
of PPAR? Partial Agonism. PPAR Research, 1, 1–15.
Lee SY, Park SL, Hwang JT, Yi SH, Nam YD, Lim S. 2012. Antidiabetic Effect
of Morinda citrifolia (Noni) Fermented by Cheonggukjang in KK-Ay
Diabetic Mice. Hindawi Publishing Corporation, 1–15.
Lipinski CA, Lombardo F, Dominy BW, Feeney PJ. 2012. Experimental and
computational approaches to estimate solubility and permeability in drug
discovery and development settings. Advanced Drug Delivery Reviews,
(64), 4–17.
Lipinski CA. 2000. Drug-like properties and the causes of poor solubility and
poor permeability. Dalam: Journal of Pharmacological and Toxicological
Methods.
Neto JAM, Fenerich BA, Alves APNR, Fernandes JC, Ribeiro RS, Silva JLC,
Traina F. 2018. Insulin Substrate Receptor (IRS) proteins in normal and
malignant hematopoiesis. CLINICS, 73, 1–11.
Manaf A. 2014. Insulin Resistance as a Predictor of Worsening of Glucose
Tolerance in Type 2 Diabetes Mellitus. MEDICINUS, 27(2).
Manna A, Laksitorini MD, Hudiyanti D, Siahaan P. 2017. olecular Docking of
Interaction between E-Cadherin Protein and Conformational Structure of
Cyclic Peptide ADTC3 (Ac-CADTPC-NH2) Simulated On 20 ns. Jurnal
Kimia Sains Dan Aplikasi, 20(1), 30–36.
Marpaung RG. 2020. Isolasi Senyawa Kempferol dan Rhamnetin yang
Terkandung pada Daun Senna (Cassia Angustifolia). Jakad Media
Publishing, Surabaya.
Merentek E. 2006. Resistensi Insulin Pada Diabetes Melitus Tipe 2. Cermin
Dunia Kedokteran, (150), 38–41.
Morte D, Palmirotta, Rehni. 2014. Pharmacogenomics and Pharmacogenetics of
Thiazolidinediones: Role in Diabetes and Cardiovascular Risk Factors.
Dalam: Pharmacogenomics. Hlm. 2065
Mukesh B, Rakesh K. 2011. Molecular Docking: A Review. International Journal
of Research in Ayurveda & Pharmacy, 2(6), 1746–1751.
Muttaqin FZ, Pratama MF, Kurniawan F. 2019. Molecular Docking And
Molecular Dynamic Studies Of Stilbene Derivative Compounds As
Sirtuin-3 (Sirt3) Histone Deacetylase Inhibitor On Melanoma Skin
Cancer And Their Toxicities Prediction. Journal of Pharmacopolium,
2(2), 112–121.
Nadzifa I. 2010. Pengaruh Air Perasan Bawang Lanang (Allium sativum)
Terhadap Kadar Glukosa Darah Dan Gambaran Histologi Pankreas Pada
Mencit (Mus musculus) Diabetes Melitus. Skripsi. Fakultas Sains dan
Teknologi UIN Maulana Malik Ibrahim, Malang.
Nasution H., & Nst, M. R. (2014). Pengujian antiradikal bebas difenilpikril
hidrazil (DPPH) ekstrak etil asetat daun nangka (Artocarpus
heterophyllus Lamk). Jurnal Sains Dasar, 3(2), 137–141.
Ndraha S. 2014. Diabetes Melitus Tipe 2 Dan Tatalaksana Terkini. MEDICINUS,
27(2), 9–16.
Ningsih IY. 2015. The Roles of Etnopharmacy in Searching for Medicinal Plants
Potentially Developed as Antidiabetic Medicines. Pharmacy, 12(1), 38–
49.
Novian DR. 2017. Kestabilan Enzim Glukosa Oksidase Aspergillus niger
Menggunakan Metode Constant pH Molecular Dynamic. Tesis. Institut
Pertanian Bogor.
Osmani OH, Sekar DS, Kumar KLS, Sahu RK, Roy A. 2009. In-vivo Antidiabetic
Potential of Artocarpus Heterophyllus Plant Seeds in Streptozotocininduced-diabetic Rats. Biomedical and Pharmacology Journal, 2(2),
339–343.
Pamudi BF. 2011. Penapisa In Silico Antimalaria Terhadap Target Plasmodium
Falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Skripsi.
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia,
Depok.
Prakash O, Jyoti, Kumar A, Kumar P. 2013. Screening of Analgesic and
Immunomodulator activity of Artocarpus heterophyllus Lam. Leaves
(Jackfruit) in Mice. Journal of Pharmacognosy and Phytochemistry, 1(6), 
33–36.
Pratama R. 2015. Penambatan Molekuler Senyawa Aktif Temulawak (Curcuma
xanthoriza) Dengan Enzim COX-2 Sebagai Kandidat Obat Anti Kanker
Payudara. Tesis. Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Price S, Wilson L. 2005. Patofisiologi: konsep klinis proses-proses penyakit.
Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC.
Purnomo H. 2013. Kimia Komputasi untuk Farmasi dan Ilmu Terkait: Uji In
Siliko Senyawa Antikanker. Yogyakarta: Pustaka Pelajar.
Purwanto, Hardjono S. 2015. Hubungan struktur, ikatan kimia dan aktivitas
biologis obat. Dalam: Siswandono (ed). Kimia Medisinal edisi kedua.
Airlangga University Press. Surabaya.
Puspitaningsih D, Kusuma YLH. 2017. Diabetes Mellitus, Stres Dan Manajemen
Stres. Mojokerto: STIKes Majapahit Mojokerto.
Renaldi O. 2009. Peran Adiponektin terhadap Kejadian Resistensi Insulin pada
Sindrom Metabolik. Divisi Metabolik Endokrin Bagian Ilmu Penyakit
Dalam FK UGM/ RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta
Rollando R. 2018. Pendekatan Struktur Aktivitas dan Penambatan Molekul
Senyawa 2-iminoethyl 2-(2-(1- hydroxypentan-2-yl) phenyl) acetate
Hasil Isolasi Fungi Endofit Genus Fusarium sp pada Enzim β-ketoasilACP KasA Sintase dan Enzim Asam Mikolat Siklopropana Sintase.
Pharmaceutical Journal of Indonesia, 3(2), 45–51.
Rukmana R. 2008. Budi Daya Nangka. Yogyakarta: Kanisius.
Sarker SD, Nahar L. 2009. Kimia Untuk Mahasiswa Farmasi Bahan kimia
organik, alam dan Umum. Pustaka Pelajar, Yogyakarta.
Schuit FC, Huypens P, Heimberg H, Pipeleers DG. 2001. Perspectives in Diabetes
Glucose Sensing in Pancreatic β-Cells A Model for the Study of Other
Glucose-Regulated Cells in Gut, Pancreas, and Hypothalamus. Dalam :
Diabetes. Hlm. 2
Serina JJC. 2013. Enzymatic inhibitory activity of hydroxycinnamates (hcs) in
silico studies. Master Dissertation. Universidade de Madeira, Portugal.
Setiawan T. 2015. Studi Molecular Docking Ekstrak Kurkuminoid Asal Wonogiri
Sebagai Inhibitor Enzim Dna Topoisomerase Ii. Institut Pertanian Bogor.
Shanmugapriya K, Saravana PS, Payal H, Mohammed P, Binnie W. 2011.
Antioxidant Activity, Total Phenolic and Flavonoid Contents of
Artocarpus Heterophyllus and Manilkara Zapota Seeds and its Reduction
Potential. International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical
Sciences, 3(5).
Simanjuntak RM. 2015. Analisis Dinamika Molekuler Hasil Penambatan
Molekuler Kompleks α-Glukosidase Dengan Sepuluh Senyawa Kimia
Tanaman Hasil Virtual Screening Dari Basis Data Herbal. Skripsi.
Universitas Indonesia.
Syahputra G. 2014. Simulasi Docking Senyawa Kurkumin Dan Analognya
Sebagai Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase. Tesis. Institut Pertanian
Bogor.
Tegar M, Purnomo H. 2012. Tea leaves extracted as anti-malaria based on
molecular docking PLANTS. The 3 International Conference on
Sustainable Future for Human Security SUSTAIN 2012, 188–194.
Widiasih, Herawati, Safitri H, Arkundato A. 2013. Penerapan Metode Dinamika
Molekul untuk Pembelajaran:Konsep Titik Leleh dan Perubahan Wujud.
Jurnal Teori Dan Aplikasi Fisika, 1(2), 171–175.
Wilkinson GR. 2005. Drug Metabolism and Variability among Patients in Drug
Response. New England Journal of Medicine, 352(21), 2211–2221.
Wulandya SA. 2017. Klasifikasi Senyawa Aktif Tanaman Obat Anti Diabetes
Melitus Tipe 2 dengan Pendekatan Penambatan Molekuler. Tesis. Institut
Pertanian Bogor.
Yani W. 2014. Pengaruh Ekstrak Daun Thespesia populnea (L.) Soland Ex
Correa Terhadap Kadar Glukosa Darah Mencit Terinduksi Aloksan Dan
Profil Klt Fraksi Aktif. Skripsi. Universitas Bengkulu.
citation:   Silviani, Safirah Nisa dan Rachmania, Rizky Arcinthya dan Yeni, Yeni  (2020) IMULASI MOLECULAR DOCKING DAN MOLECULAR DYNAMIC SENYAWA-SENYAWA PADA BIJI NANGKA (Artocarpus heterophyllus Lam.) TERHADAP RESEPTOR PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA SEBAGAI ANTIDIABETES MELITUS TIPE II.  Bachelor thesis, Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA.   
document_url: http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/22146/1/FS03-220157.pdf