eprintid: 21774
rev_number: 8
eprint_status: archive
userid: 3858
dir: disk0/00/02/17/74
datestamp: 2023-04-02 10:31:58
lastmod: 2023-04-02 10:31:58
status_changed: 2023-04-02 10:31:58
type: thesis
metadata_visibility: show
creators_name: Fiddyastuti, Desynta
creators_name: Rachmania, Rizky Arcinthya
creators_name: Hariyanti, Hariyanti
title: MOLECULAR DOCKING DAN MOLECULAR DYNAMICS SENYAWA
MINYAK ATSIRI HERBA TIMI (Thymus vulgaris) SEBAGAI
ANTITUBERKULOSIS TERHADAP ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN
(ACP)-REDUCTASE (InhA)
ispublished: pub
subjects: R
subjects: RS
divisions: 48201
abstract: Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh bakteri
Mycobacterium tuberkulosis (MTB). Herba timi (Thymus vulgaris) menjadi salah
satu tumbuhan yang senyawa minyak atsirinya telah diteliti dengan menunjukan
aktivitas menghambat pertumbuhan bakteri MTB. Tujuan penelitian ini untuk
memprediksi kandidat pada senyawa dalam minyak atsiri dari herba timi terhadap
reseptor target enoyl-acyl carrier protein (ACP)-reductase (Inha) pada dinding sel
bakteri dengan menggunakan obat pembanding yaitu Isoniazid. Penelitian ini
menggunakan metode molecular docking dengan software Autodock untuk
mengetahui senyawa dalam minyak atsiri dari herba timi yang memiliki potensi
terbaik sebagai kandidat antituberkulosis dilihat dari energi ΔG, kluster, dan Ki
serta menggunakan metode molecular dynamics dengan software GROMACS
untuk melihat kestabilan melalui analisis energi potensial, RMSD, RMSF, Girasi,
dan MMPBSA. Hasil penelitian dengan metode molecular docking berdasarkan
parameter energi ΔG, kluster, dan Ki senyawa -Cadinol, τ-Cadinol, dan
Camphora diprediksi memiliki afinitas yang baik dan hasil dari metode molecular
dynamics berdasarkan parameter MMPBSA menunjukan bahwa -Cadinol, τCadinol, dan Camphora menunjukan kestabilan yang baik selama simulasi
molecular dynamics. Kesimpulan dari penelitian ini yaitu senyawa -Cadinol, τCadinol, dan Camphora dari herba timi mempunyai potensi sebagai kandidat obat
antituberkulosis.
Kata Kunci: Thymus vulgaris, Enoyl-Acyl Carrier Protein (ACP)-Reductase
(Inha), Antituberkulosis, Molecular Docking, dan Molecular
Dynamics
date: 2020
date_type: completed
full_text_status: public
institution: Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA
department: Fakultas Farmasi dan Sains
thesis_type: bachelor
thesis_name: bphil
referencetext: Abraham, M., Hess, B., Spoel, D. van der, dan Lindahl, E. (2018). Gromacs User
Manual version 2016. Sweden: The Gromacs development teams at the
Royal Institute of Technology and Uppsala University.
Arba, M. (2019). Buku Ajar Farmasi Komputasi. Yogyakarta: Penerbit
Deepublish.
Baig, M. H., Ahmad, K., Adil, M., Khan, Z. A., dan Kamal, M. A. (2014). Drug
Discovery and In Silico Techniques : A Mini-Review. Enzyme Engineering,
4(1), 1–3.
Brooks, G. F. (2007). Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s medical microbiology,
23th ed. Jakarta: EGC.
Dastmaichi, S., Mivehroud, M. H., dan Sokouti, B. (2016). Methods and
Algorithms for Molecular Docking-Base Drug Design and Discovery. United
State of America: IGI Global.
Depkes RI. (2011). Pedoman Nasional Pengendalian Tuberkulosis. Jakarta:
Kementrian Kesehatan.
Depkes RI. (2015). Pusat Data dan Informasi Kementrian Kesehatan RI:
Tuberkulosis. Jakarta: Kementrian Kesehatan RI.
Dermawan, D., Sumirtanurdin, R., dan Dewantisari, D. (2019). Molecular
Dynamics Simulation of Estrogen Receptor Alpha Against Andrografolid as
Anti Breast Cancer. Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and
Technology, 6(2), 65–76.
Dizaji, P., Soleimani, Afrugh, dan Saedi. (2018). In vitro Antibacterial Activity of
Thymus vulgaris Essential Oil against Mycobacterium tuberculosis.
Microbiology dan Microbial Biotechnology Department, 4(2), 47–51.
Doak, Over, Gioardanetto, dan Kihlberg. (2014). Oral Druggable Space beyond
the Rule of 5: Insights from Drugs and Clinical Candidates. Chemistry dan
Biology, 21(9), 1115–1142.
Gajula, M. P., Kumar, A., dan Ijaq, J. (2016). Protocol for Molecular Dynamics
Simulations of Proteins. Bioprotocol, 6(23), 1–11.
Goodman, dan Gilman. (2015). Dasar Farmakologi Terapi. Jakarta: EGC.
Gunawan, S. G., dan Sulistia, G. (2016). Farmakologi dan Terapi Edisi 6. Jakarta:
UI Press.
Irianti, Kuswandi, dan Nanang. (2016). Anti Tuberkulosis. Yogyakarta: UGM
Press.
Istyastono, E. P. (2018). Rancangan Obat dan Penapisan Virtual Berbasis
Struktur. Yogyakarta: Sanata Dharma University Press.
Jacquemard, C., Drwal, M. N., Desaphy, J., dan Kellenberger, E. (2019). Binding
mode information improves fragment docking. Journal of Cheminformatics,
11(24), 1–15.
Junaid, M., Muhseen, T. Z., Ullah, A., Wadood, A., Liu, J., dan Zhang, H. (2014).
Molecular Modeling and Molecular Dynamics Simulation Study of the
Human Rab9 and RhoBTB3 C-terminus Complex. Bioinformation, 10(12),
757–763.
Kaboli, P. J., Ismail, P., dan Ling, K. H. (2018). Molecular Dynamics (MD)
Simulations. Drug Discovery, 12(4), 384–400.
Lesson, P. D. (2016). Molecular Inflation, Attrition and the Rule of Five.
Advanced Drug Delivery Reviews, 101, 22–23.
Lipinski, C. A. (2016). Rule of Five in 2015 and Beyond: Target and Ligand
Structural Limitations, Ligand Chemistry Structure and Drug Discovery
Project Decisions. Advanced Drug Delivery Reviews, 101, 34–41.
Lipinski, C. A., Lombardo, F., Dominy, B. W., dan Feeney, P. J. (1997).
Experimental and Computational Approaches to Estimate Solubility and
Permeability in Drug Discovery and Development Settings. Advance Drug
Delivery Reviews, 23(1–3), 3–25.
Manna, A., Dian, M., Hudiyanti, D., dan Siahaan, P. (2017). Molecular Docking
of Interaction between E-Cadherin Protein and Conformational Structure of
Cyclic Peptide ADTC3 (Ac-CADTPC-NH2) Simulated on 20 ns. Jurnal
Kimia Sains Dan Aplikasi, 20(1), 30–36.
Marrakchi, H., Laneelle, A. M., dan Daffe, M. (2014). Review Mycolic Acids :
Structures , Biosynthesis , and Beyond. Chemistry dan Biology, 21(1), 34–
52.
Mishra, S., Ojha, K. K., Pandey, P. N., dan Shukla, A. (2018). Trends in
Bioinformatics In silico Studies for Potential Natural Inhibitors for Isocitrate
Dehydrogenase Type II of Mycobacterium tuberculosis ( H37Rv ). Trends in
Bioinformatics, 11(1), 7–16.
Morris, G. M., Goodsell, D. S., Piqeu, M. E., Heuy, R., dan Olson, A. (2012).
AutoDock Version 4.2. In Citeseer. USA: The Scripps Research Institute.
Muttaqin, F. Z., Pratama, M. F., dan Kurniawan, F. (2019). Molecular Docking
and Molecular Dynamic Studies of Stilbene Derivative Compouns as Sirtuin3 (SIRT3) Histone Deacetylase Inhibitor of Melanoma Skin Cancer and their
Toxicities Prediction. Journal of Pharmacopolium, 2(2), 112–121.
Pardeshi, T. A. (2015). Designing Novel Inhibitors for Tuberculosis ( Tb ) by 
Targeting InhA and KasA Using Ligand Based Drug Design. Journal of
Innovations in Pharmaceuticals and Biological Sciences, 2(2), 159–168.
Purnomo, H. (2013). Kimia Komputasi untuk Farmasi dan Ilmu Terkait: Uji In
Siliko Senyawa Antikanker. Yogyakarta: Pustaka Pelajar.
Rachmania, R. A. (2019). Validasi Protokol Skrining Virtual dan Analisis
Interaksi Inhibitor Antipoliferasi Sel Kanker Berbasis Bahan Alam terhadap
Reseptor Cyclin-Dependent Kinase 4 (CDK 4). Media Farmasi, 16(1), 21–
40.
Rahgozar, N., Khaniki, G. B., dan Sardari, S. (2018). Evaluation of
Antimycobacterial and Synergistic Activity of Plants Selected Based on
Cheminformatic Parameters. Iranian Biomedical Journal, 22(6), 401–407.
Reddy, P., dan Biotech, V. (2016). Review on Thymus vulgaris Traditional Uses
and Pharmacological Properties Medicinal dan Aromatic Plants Review on
Thymus vulgaris Traditional Uses and Pharmacological Properties.
Medicinal dan Aromatic Plants, 3(3), 1–4.
Rollando. (2017). Pengantar Kimia Medisinal. Malang: CV. Seribu Bintang.
Ruswanto, Ratnasari, A., dan Tuslinah, L. (2015). Sintesis Senyawa N ’-(3,5-
Dinitrobenzoyl) -Isonicotinohydrazide dan Studi Interaksinya pada
Mycobacterium Tuberculosis Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (InhA).
Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada, 14(1), 63–73.
Sadiki, M., Farah, A., Saad, dan Koraichi, I. (2014). Characterization and
Antibacterial Activity of The Essential Oil from Thymus vulgaris cultuvated
in morocco (taounat) against ten Bacteria. Journal of Pharmaceutical
Research, 4(5), 314–325.
Setiawan, M. T., dan Yanuar, A. (2018). Virtual Screening and Molecular
Dynamics Simulation of Compounds from the Herbal Database of Indonesia
Against Histone Deacetylase 2. International Journal of Applied
Pharmaceutics, 10(1), 235–239.
Siregar, M. I. T. (2015). Mekanisme Resistensi Isoniazid dan Mutasi Gen KatG
Ser315Thr (G944C) Mycobacterium tuberculosis Sebagai Penyebab
Tersering Resistensi Isoniazid. Jambi Medical Journal, 3(2), 119–131.
Siswandono. (2016). Kimia Medisinal 1. In Kimia Medisinal (2nd ed.). Surabaya:
Airlangga University Press.
Susanti, N. M. P., Laksmiani, N. P. I., Dewi, P. P. . P., dan Dewi, P. Y. C. (2019).
Molecular Docking Terpinen-4-ol pada Protein IKK sebagai Antiinflamasi
pada Aterosklerosis secara In Silico. Jurnal Farmasi Udayana, 8(1), 44–49.
Suyanta. (2019). Buku Ajar Kimia Unsur. Yogyakarta: Gadjah Mada University
Press
Wang, C., Greene, D., Xiao, L., Qi, R., dan Luo, R. (2018). Recent Developments
and Applications of the MMPBSA Method. Frontiers in Molecular
Biosciences, 4(87), 1–18.
Wesołowska, A., dan Jadczak, D. (2019). Comparison of the Chemical
Composition of Essential Oils Isolated from Two Thyme (Thymus vulgaris
L.) Cultivars. Notulae Botanicae Horti Agrobotanici Cluj-Napoca, 47(3),
829–835.
World Health Organization (WHO). (2019). Global Tuberculosis Report 2019.
Perancis: CC BY-NC-SA 3.0 IGO.
Yanuar, A. (2012). Penambatan Molekular Praktek dan Aplikasi pada Virtual
Screening. Depok: UI Press
citation:   Fiddyastuti, Desynta dan Rachmania, Rizky Arcinthya dan Hariyanti, Hariyanti  (2020) MOLECULAR DOCKING DAN MOLECULAR DYNAMICS SENYAWA MINYAK ATSIRI HERBA TIMI (Thymus vulgaris) SEBAGAI ANTITUBERKULOSIS TERHADAP ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN (ACP)-REDUCTASE (InhA).  Bachelor thesis, Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA.   
document_url: http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/21774/1/FS03-220038.pdf