eprintid: 21454
rev_number: 8
eprint_status: archive
userid: 3858
dir: disk0/00/02/14/54
datestamp: 2023-02-20 08:30:18
lastmod: 2023-02-20 08:30:18
status_changed: 2023-02-20 08:30:18
type: thesis
metadata_visibility: show
creators_name: Rukmana, Leli
creators_name: Hariyanti, Hariyanti
creators_name: Rachmania, Rizky Arcinthya
title: STUDI IN SILICO SENYAWA FENOLIK EKSTRAK METANOL DAUN
GALOBA MERAH (Alpinia zerumbet) TERHADAP RESEPTOR
CYCLOOXYGENASE-1 (COX-1) SEBAGAI ANTIINFLAMASI
ispublished: pub
subjects: R
subjects: RS
divisions: 48201
abstract: Daun galoba merah (Alpinia zerumbet) memiliki khasiat sebagai antiinflamasi.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui senyawa fenolik ekstrak metanol daun
galoba merah sebagai ligan uji yang dapat dijadikan sebagai antiinflamasi melalui
penghambatan reseptor COX-1 melalui studi in silico. Simulasi ligan-reseptor
dilakukan dengan metode molecular docking menggunakan software AutoDock
4.2 dengan nilai binding energy terendah sebagai parameter dan dilanjutkan
metode molecular dynamic menggunakan software GROMACS 5.1.2 dengan nilai
binding energy MM-PBSA terendah sebagai parameter. Hasil simulasi molecular
docking ligan uji dengan binding energy terendah adalah Apigenin -7,63 kkal/mol
dan Pinocembrin -7,49 kkal/mol serta pembanding Aspirin -5,30 kkal/mol. Hasil
analisis MM-PBSA simulasi molecular dynamic diperoleh binding energy
Apigenin -19,073 kkal/mol, Pinocembrin -20,616 kkal/mol, dan Aspirin -14,735
kkal/mol. Pinocembrin diprediksi memiliki afinitas dan kestabilan paling baik
terhadap COX-1 dibandingkan Aspirin dan ligan uji lain. Dapat disimpulkan
bahwa, Pinocembrin merupakan senyawa daun galoba merah yang diprediksi
berpotensi dijadikan sebagai kandidat antiinflamasi melalui penghambatan
reseptor COX-1.

Kata Kunci: Cyclooxygenase-1, Molecular Docking, Molecular Dynamic,
Alpinia zerumbet.
date: 2020
date_type: completed
full_text_status: public
institution: Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA
department: Fakultas Farmasi dan Sains
thesis_type: bachelor
thesis_name: bphil
referencetext: Abraham, M. J., Murtola, T., Schulz, R., Páll, S., Smith, J. C., Hess, B., &
Lindahl, E. (2015). Gromacs: High Performance Molecular Simulations
through Multi-level Parallelism from Laptops to Supercomputers. SoftwareX,
1–2, 19–25.
Adelina, R. (2014). Uji Molecular Docking Annomuricin E dan Muricapentocin
pada Aktivitas Antiproliferasi. Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia, 12(1),
32–36.
Apridamayanti, P., Sanera, F., & Robiyanto, R. (2018). Aktivitas Antiinflamasi
Ekstrak Etanol Daun Karas (Aquilaria malaccensis Lamk.). Pharmaceutical
Sciences and Research, 5(3), 152–158.
Arba, M. (2019). Buku Ajar Farmasi Komputasi. Yogyakarta: Deepublish.
Arba, M., Ruslin, Ihsan, S., Tri Wahyudi, S., & Tjahjono, D. H. (2017). Molecular
Modeling of Cationic Porphyrin-Anthraquinone Hybrids as DNA
Topoisomerase IIβ Inhibitors. Computational Biology and Chemistry, 71(C),
129–135.
Astuti, A. D., & Mutiara, A. B. (2011). Simulasi Dinamika Molekuler Protein
dengan Aplikasi Gromacs. Tehnik Informatika Dan Industri, 1(2), 1–9.
Bissantz, C., Kuhn, B., & Stahl, M. (2010). A Medicinal Chemist’s Guide to
Molecular Interactions. Journal of Medicinal Chemistry, 53(14), 5061–5084.
Dermawan, D., Sumirtanurdin, R., & Dewantisari, D. (2019). Simulasi Dinamika
Molekular Reseptor Estrogen Alfa dengan Andrografolid sebagai Anti
Kanker Payudara. Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and
Technology, 6(2), 65–76.
Direktorat Bina Farmasi Komunitas dan Klinik Ditjen Bina Kefarmasian dan Alat
Kesehatan Departemen Kesehatan. (2006). Pharmaceutical Care untuk
Pasien Penyakit Arthritis Rematik. 1–68.
Elzaawely, A. A., Xuan, T. D., & Tawata, S. (2007). Essential oils, Kava Pyrones
and Phenolic Compounds from Leaves and Rhizomes of Alpinia zerumbet
(Pers.) B.L. Burtt. & R.M. Sm. and their Antioxidant Activity. Food
Chemistry, 103(2), 486–494.
Furst, D.E., Urlich, R.W. & Prakash, S. (2013). Anti-inflamasi Non-steroid,
Antirematik, Pemodifikasi Penyakit, Analgetik Non-opioid, & untuk Gout.
(12th ed.; B. G. Katzung, ed.). Jakarta: EGC. 
Ghareeb, M. A., Sobeh, M., Rezq, S., El-Shazly, A. M., Mahmoud, M. F., &
Wink, M. (2018). HPLC-ESI-MS/MS Profiling of Polyphenolics of a Leaf
Extract from Alpinia zerumbet (Zingiberaceae) and Its Anti-inflammatory,
Anti-nociceptive, and Antipyretic Activities In Vivo. Molecules, 23(3238),
1–14.
Hati, J. (2014). Analisis Kestabilan Protein 1GB1 Menggunakan Simulasi
Dinamika Molekul. Skripsi. Departemen Fisika Fakultas Matematika Dan
Ilmu Pengetahuan Alam Institus Pertanian Bogor.
Kitchen, D. B., Decornez, H., Furr, J. R., & Bajorath, J. (2004). Docking and
Scoring in Virtual Screening for Drug Discovery: Methods and Applications.
Nature Reviews Drug Discovery, 3(11), 935–949.
Lindahl, E., Abraham, M. J., Berk, H., & Van Der Spoel, D. (2019). GROMACS
Documentation. GROMACS Development Team, 1–680.
Lipinski, C. A., Lombardo, F., Dominy, B. W., & Feeney, P. J. (1997).
Experimental and Computational Approaches to Estimate Solubility and
Permeability in Drug Discovery and Development Settings. Advanced Drug
Delivery Riviews, 23(1–3), 3–25.
Loeffler, A. G., & Hart, M. N. (2017). Patofisiologi untuk Profesi Kesehatan:
Epidemiologi, Diagnosis, & Pengobatan. In A. fitrah Umara, M. Dewi, W.
Praptiani, & R. M. Syamsi (Eds.), EGC (6th ed.). Jakarta: EGC.
Manna, A., Laksitorini, M. D., Hudiyanti, D., & Siahaan, P. (2017). Molecular
Docking of Interaction between E-Cadherin Protein and Conformational
Structure of Cyclic Peptide ADTC3 (Ac-CADTPC-NH2) Simulated on 20
ns. Jurnal Kimia Sains Dan Aplikasi, 20(1), 30–36.
Mishra, S., Ojha, K. K., Pandey, P. N., & Shukla, A. (2018). In Silico Studies for
Potential Natural Inhibitors for Isocitrate Dehydrogenase Type II of
Mycobacterium Tuberculosis (H37Rv). Trends Bioinformatics, 11(1), 7–16.
Morris, G. M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M. F., Belew, R. K., Goodsell,
D. S., & J., O. A. (2009). Software News and Updates AutoDock4 and
AutoDockTools4: Automated Docking with Selective Receptor Flexibility.
Journal of Computational Chemistry, 30(16), 2785–2791.
Muchtaridi. (2018). Teori dan Praktek Penambatan Molekul(Molecular Docking)
(M. Yusuf, ed.). Bandung: Unpad Press.
Muttaqin, F. Z., Pratama, M. F., Kurniawan, F., Tinggi, S., Bandunng, F., &
Farmasi, S. (2019). Molecular Docking And Molecular Dynamic Studies Of
Stilbene Derivative Compounds As Sirtuin-3 (SIRT3) Histone Deacetylase
Inhibitor On Melanoma Skin Cancer And Their Toxicities. Journal of
Pharmacopolium, 2(2), 112–121. 
Nørregaard, R., Kwon, T. H., & Frøkiær, J. (2015). Physiology and
Pathophysiology of Cyclooxygenase-2 and Prostaglandin E2 in the Kidney.
Kidney Research and Clinical Practice, 34(4), 194–200.
Patil, R., Das, S., Stanley, A., Yadav, L., Sudhakar, A., & Varma, A. K. (2010).
Optimized Hydrophobic Interactions and Hydrogen Bonding at the TargetLigand Interface Leads the Pathways of Drug-Designing. PLoS ONE, 5(8),
1–10.
Perrone, M. G., Scilimati, A., Simone, L., & Vitale, P. (2010). Selective COX-1
Inhibition: A Therapeutic Target to be Reconsidered. Current Medicinal
Chemistry, 17(32), 3769–3805.
Rachmania, R. A., Hariyanti, H., & Rochmah, N. (2018). Molecular Docking
Study of Lemon (Citrus limon (Linn) Burm. f) Flavonoid Derivatives
Compound in Receptor Cyclooxygenase-1 (COX-1) as Antiplatelet in
Ischaemic Stroke Disease. In Proceedings of the 1st Muhammadiyah
International Conference on Health and Pharmaceutical
Development(MICH-PhD 2018), 1, 19–25.
Rachmania, R. A., Hariyanti, H., Zikriah, R., & Soultan, A. (2018). Studi In Silico
Senyawa Alkaloid Herba Bakung Putih (Crinum asiaticum L .) pada
Penghambatan Enzim Siklooksigenase (COX). Jurnal Kimia Valensi, 4(2),
124–136.
Setiajid, M. A. (2012). Analisis Dinamika Molekuler Hasil Penambatan Molekul
Kompleks Siklooksigenase-2 Dengan beberapa senyawa 3-fenil-2-steril4(3H)-Kuinazolinon Tersubstitusi Sulfonamida atau Sulfasetamid. Skripsi.
Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Farmasi, Program Studi
Farmasi Universitas Indonesia.
Sianturi, M., & Malau, N. D. (2016). Simulasi Dinamika Molekul Enzim Xilanase
Aspergillus niger untuk Meningkatkan Kestabilan Termal. Prosiding
Seminar Nasional MIPA 2016, 15–23.
Smith, W. L., Langenbach, R., & Rao. (2001). Why There are Two
Cyclooxygenase Isozyme. The Journal of Clinical Investigation, 107(12),
1491–1495.
Syahputra, G., Ambarsari, L., & Sumaryada, T. (2014). Simulasi Docking
Kurkumin Enol, Bismetoksikurkumin dan Analognya sebagai Inhibitor
Enzim12-Lipoksigenase. Jurnal Biofisika, 10(1), 55–67.
Teschke, R., & Xuan, T. D. (2018). Viewpoint: A Contributory Role of Shell
Ginger (Alpinia zerumbet (Pers.) B.L. Burtt & R.M. Sm) for Human
Longevity in Okinawa, Japan? Nutrients, 10(166), 1–22. 
Tjay, T. H., & Rahardja, K. (2002). Obat-obat Penting, Khasiat, Pengunaaan dan
Efek Sampingnya. Jakarta: PT Elex Media Komputindo Kelompok
Gramedia.
Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E., &
Berendsen, H. J. C. (2005). GROMACS: Fast, Flexible, and Free. Journal of
Computational Chemistry, 26(16), 1701–1718.
Vieira, T. F., & Sousa, S. F. (2019). Comparing AutoDock and Vina in
Ligand/Decoy Discrimination for Virtual Screening. Applied Sciences,
9(4538), 1–18.
Xuan, T. D., Quan, N. V., Quan, N. T., Rayee, R., Khanh, T. D., Tran, H. D., &
Trung, N. T. (2019). Allelopathic Plants: 26. Alpinia zerumbet (Pers.)
B.L.Burtt & R.M.Sm. (Zingiberaceae). Allelopathy Journal, 48(1), 1–14.
Yanuar, A. (2012). Penambatan Molekular: Praktek dan Aplikasi pada Virtual
Screening. Jakarta: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia.
Zahra, A. P., & Carolia, N. (2017). Obat Anti-inflamasi Non-steroid (OAINS):
Gastroprotektif vs Kardiotoksik. Majority, 6(3), 153–158.
Zarghi, A., & Arfaei, S. (2011). Selective COX-2 Inhibitors: A Riview of Their
Structure-Activity Relationships. Iranian Journal of Pharmaceutical
Research, 10(4), 655–683.
citation:   Rukmana, Leli dan Hariyanti, Hariyanti dan Rachmania, Rizky Arcinthya  (2020) STUDI IN SILICO SENYAWA FENOLIK EKSTRAK METANOL DAUN GALOBA MERAH (Alpinia zerumbet) TERHADAP RESEPTOR CYCLOOXYGENASE-1 (COX-1) SEBAGAI ANTIINFLAMASI.  Bachelor thesis, Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA.   
document_url: http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/21454/1/FS03-210178.pdf