eprintid: 20443
rev_number: 8
eprint_status: archive
userid: 3858
dir: disk0/00/02/04/43
datestamp: 2023-02-08 07:43:40
lastmod: 2023-02-08 07:43:40
status_changed: 2023-02-08 07:43:40
type: thesis
metadata_visibility: show
creators_name: Kaffah, Silmi
creators_name: Hariyanti, Hariyanti
creators_name: Rachmania, Rizky Arcinthya
title: SIMULASI PENAMBATAN MOLEKUL DAN DINAMIKA MOLEKUL
SENYAWA PADA EKSTRAK DAUN SALAM (Syzigum polyanthum)
TERHADAP ENZIM α-GLUKOSIDASE SEBAGAI ANTI DIABETES
MELITUS TIPE II
ispublished: pub
subjects: R
subjects: RS
divisions: 48201
abstract: Daun Salam dalam beberapa penelitian daun ini memiliki beberapa khasiat dalam
kesehatan seperti pencernaan dan diabetes. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk
melihat manakah dari senyawa ekstrak pada daun salam yang berinteraksi pada enzim
α-glucosidase sebagai antidiabetes melitus tipe 2 dan untuk menyimulasikan
pergerakan molekul dari senyawa uji. Metode yang digunakan yaitu, analisis Lipinski
Rule’s Of Five, prediksi toksisitas, penambatan molekul, dan simulasi dinamika
molekul. Enzim yang digunakan adalah kode PDB: 2QMJ. Hasil dari analisis Lipinski
Rule’s Of Five didapat 10 ligan uji dan 1 ligan pembanding. Prediksi toksisitas
menghasilkan Farnesol sebagai kelas 5 dan Akarbosa sebagai kelas 6, penambatan
molekul didapat binding affinity Akarbosa -7,2 Kkal/mol dan Farnesol sebesar -6,2
Kkal/mol yang dilanjutkan dalam simulasi dinamika molekul. Hasil dari dinamika
molekul menunjukkan RMSD, RMSF, ikatan hidrogen dan MM-PBSA menunjukkan
bahwa Farnesol tidak stabil. Kesimpulan yang didapat dari penelitian ini Farnesol
tidak berpotensi dan tidak stabil bila dibandingkan dengan Akarbosa.
Kata Kunci : diabetes tipe II, daun salam, penambatan molekul dan dinamika
molekul.
date: 2020
date_type: completed
full_text_status: public
institution: Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA
department: Fakultas Farmasi dan Sains
thesis_type: bachelor
thesis_name: bphil
referencetext: Agustina, S., Ruslan, & Wiraningtyas, A. 2016. Skrining Fitokimia Tanaman Obat
 di Kabupaten Bima. Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan. Bima;
Indonesian E-Journal of Applied Chemistry, 4(1), 71–76.
Arba, M. 2019. Buku Ajar Farmasi Komputasi (1st ed.). Sumber:
https://books.google.co.id/books?id=Wm_IDwAAQBAJ&printsec=copyright&hl=
id&source=gbs_pub_info_r#v=onepage&q&f=false. Diakses 24 Februari 2020.
Arba, M., Kartasasmita, R. E., Tjahjono, D. H., Arba, M., Kartasasmita, R. E., &
Tjahjono, D. H. (2016). Molecular Docking And Dynamics Simulations On The
Interaction Of Cationic Porphyrin – Anthraquinone Hybrids With DNA GQuadruplexes. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics ISSN:, 34(2),
427–438.
Rachmania, R. A, Supandi, & Anggun Larasati, O. 2015. Senyawa Diterpenoid Lakton
Herba Sambiloto. Pharmacy, 12(02), 210–222.
Agoes A. 2010. Tanaman Obat Indonesia Buku 2 (1st ed.; A. Suslia, ed.). Jakarta:
Salemba Medika.
Baker, N. A., Sept, D., Joseph, S., Holst, M. J., & Mccammon, J. A. 2001. Electrostatics
Of Nanosystems : Application To Microtubules And The Ribosome. Proceedings
of the National Academy of Sciences of the United States of America, 98(18),
10037–10041.
Banerjee, P., Eckert, A. O., Schrey, A. K., & Preissner, R. 2018. ProTox-II : A
Webserver For The Prediction Of Toxicity Of Chemicals. Nucleic Acids Research,
46(1), 257–263.
Berendsen, H. J. C., Spoel, D. Van Der, & Drunen, R. Van. 1995. GROMACS : A
Message-Passing Parallel Molecular Dynamics Implementation. Computer Physics
Communications, 91, 43–56.
Budiman, A. 2011. Isolasi Enzim Alfa Glukosidase dari Gabah (Oryza sativa var.
Ciiherang). Skripsi. Universitas. Sanata Dharma: Yogyakrta
Calzada F., Miguel V., Normand G. H., Claudia V., Elizabeth B., Celia B. B.,
Leovigildo Q., Emmanuel P. J., J. E. M.W. 2019. Antihyperglycemic activity of
the leaves from annona diversifolia Safford. and farnesol on normal and alloxaninduced diabetic mice. Pharmacognosy Magazine, 15(62), 5–11.
Dafriani, P., Andika, H., & Hanifa, Y. 2018. Pengaruh Rebusan Daun Salam Terhadap
Penurunan Kadar Gula Darah Pada Pasien Diabetes Mellitus Tipe II Di Wilayah
Kerja Puskesmas Alai Padang Tahun 2018. Kesehatan, 1(1), 53–63.
Duncan, R. E., & Archer, Æ. M. C. 2008. Farnesol Decreases Serum Triglycerides in 
Rats : Identification of Mechanisms Including Up-Regulation of PPAR a and
Down-Regulation of Fatty Acid Synthase in Hepatocytes. American Oil Chemists’
Society, 43, 619–627.
Elya, B., Handayani, R., Sauriasari, R., Azizahwati, Hasyyati, U. S., Permana, I. T., &
Permatasari, Y. I. 2015. Antidiabetic Activity And Phytochemical Screening Of
Extracts From Indonesian Plants By Inhibition Of Alpha Amylase, Alpha
Glucosidase And Dipeptidyl Peptidase IV. Pakistan Journal of Biological
Sciences, 18(6), 273–278.
Fatma Nuraisyah. 2017. Faktor Risiko Diabetes Mellitus Tipe 2. Jurnal Kebidanan Dan
Keperawatan, 13(2), 120–127.
Ferwadi, S., Gunawan, R., & Astuti, W. 2017. Studi Docking Molekular Senyawa Asam
Sinamat Dan Derivatnya Sebagai Inhibitor Protein 1j4x Pada Sel Kanker Serviks
Molecular Docking Study Of Cinnamate Acid Compound And Its Derivatives As
Protein 1j4x Inhibitor To Cervical Cancer Cell. Jurnal Kimia Mulawarman, 14(2).
Fitriyani. 2012. Faktor Risiko Diabetes Melitus Tipe 2 Di Puskesmas Kecamatan
Citangkil Dan Puskesmas Kecamatan Pulo Merak , Kota Cilegon Universitas
Indonesia.Skripsi. Fakultas KesMas: UI Depok
Goto, T., Kim, YI., Funakoshi, K., Teraminami, A., Uemura, T., Hirai, S., Lee, JY.,
Makishima, M., Nakata, R., Inoue, H., Senju, H., Matsunaga, M., Horio, F.,
Takahashi, N., Kawada, T. 2011. Farnesol , An Isoprenoid , Improves Metabolic
Abnormalities In Mice Via Both PPAR Ɣ -Dependent And -Independent
Pathways. American Journal of Physiology-Endocrinology and Metabolism,
301(41), 1022–1032.
Hari Purnomo. 2011. Kimia Komputasi: Molecular docking PLANTS (Protein Ligand
ANT System). Yogyakarta: Pustaka Pelajar.
Harismah, K. C. 2016. Pemanfaatan Daun Salam (Eugenia polyantha) Sebagai Obat
Herbal Dan Rempah Penyedap Makanan. Warta LPM, 19(2), 110–118.
Humphrey, W., Dalke, A., & Schulten, K. 1996. VMD : Visual Molecular Dynamics.
Journal of Molecular Graphics, 7855(October 1995), 33–38.
Istyastono, E.P. 2020. Peran Komputer Dalam Penemuan Obat. Dari
http://www.komputasi.lipi.go.id diakses pada 18 Maret 2020
Kastritis, P. L., & Bonvin, A. M. J. J. 2013. On The Binding Affinity Of
Macromolecular Interactions : Daring To Ask Why Proteins Interact. Journal Of
The Royal Society Interface, 10, 1–27.
Kementrian Kesehatan RI. 2014. Infodatin-Diabetes.pdf. Kementrian Kesehatan RI, 1–
8. Diambil dari https://pusdatin.kemkes.go.id diakses pada desember 2019
Kumari, R., Kumar, R., Source, O., Discovery, D., & Lynn, A. 2014. G_MMPBSA A
Gromacs Tool for High-Throughput MM-PBSA Calculations. Journal of Chemical
Information and Modeling, 54(7), 1951–1962.
Lelono dan Tachibana. 2013. Preliminary Studies of Indonesian Eugenia polyantha Leaf
Extracts as Inhibitors of Key Enzymes for Type 2 Diabetes. Journal of Medical
Sciences, 13(2), 103–110.
Lipinski, C. A. 2004. Lead profiling Lead- and drug-like compounds : the rule-of-five
revolution. Drug Discovery Today: Technologies, 1(4), 337–341.
Lipinski, C. A., Lombardo, F., Dominy, B. W., & Feeney, P. J. 2012. Experimental and
computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery
and development settings. Advanced Drug Delivery Reviews, 64(Supplementary),
4–17.
Manna, A., Dian, M., Hudiyanti, D., & Siahaan, P. 2017. Molecular Docking Of
Interaction Between E-Cadherin Protein And Conformational Structure Of Cyclic
Peptide ADTC3 Ac-CADTPC-. Journal of Scientific and Applied Chemistry,
20(1), 30–36.
Muchtaridi, Arry Y., Sandra M., Hari P. 2018. KIMIA MEDISINAL: Dasar-dasar
Dalam Perancangan Obat Edisi Pertama. Jakarta: Prenamedia Group.
Morris, G. M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M. F., Belew, R. K., Goodsell, D. S.,
& Olson, A. J. 2009. Software News and Updates AutoDock4 and
AutoDockTools4 : Automated Docking with Selective Receptor Flexibility.
Journal of Computational Chemistry, 60(13).
Noor R. F. 2016. Diabetes Melitus Tipe 2. Indonesian Journal of Pharmacy, 27(2), 74.
Nur Lailatul Lathifah. 2017. Hubungan Durasi Penyakit Dan Kadar Gula Darah Dengan
Keluhan Subyektif Penderita Diabetes Melitus. Jurnal Berkala Epidemiologi, 5(2),
231–239.
Patil, P., Mandal, S., Tomar, S. K., & Anand, S. 2015. Food Protein-Derived Bioactive
Peptides In Management Of Type 2 Diabetes. European Journal of Nutrition,
54(6), 863–880.
Fong P. & Hui Lei. 2010. A Systematic Review on Computer-Aided Drug Desain:
Docking and Scoring. Instituto Politecnico de Macau Macao Polytechnic Institute,
73(4), 47–72.
Poedjiadi, A. 1994. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: UI Press. 
Pranowo, H. D., Haryadi, W., & Sohilait, M. R. 2017. Molecular Docking Analysis Of
Curcumin Analogues with COX-2. Bioinformation, 13(11), 356–359.
Prayoga, H., Yulianti, Y., & Riyanto, A. 2019. Analisis Dinamika Molekul Protein
Lysozyme Putih Telur Dengan Model Potensial Lennard-Jones Menggunakan
Aplikasi Gromacs. Jurnal Teori Dan Aplikasi Fisika, 6(2), 239–248.
Rahim, E. N., Wan A. N. W. A., Omar N. M., Ismail A., & Rahmat U. N. 2018. GC-MS
Analysis of Phytochemical Compounds in Syzygium polyanthum Leaves Extracted
using Ultrasound-Assisted Method. Pharmacognosy Journal, 10(1), 110–119.
Rupp, M. 2004. Alpha-glucosidase Inhibitor in Treatment of Diabetes. Dalam D.
Leroiith, S. Taylor, & J. Otefsky (Eds.), Diabetes Melitus a fundamental and
Clinical Text (3rd ed., pp. 1152–1159). Retrieved from
https://books.google.co.id/books?id=hgiuDHVUuT4C&printsec=frontcover&hl=id
&source=gbs_ViewAPI&redir_esc=y#v=onepage&q&f=false
Simanjuntak, H. A. 2018. Pemanfaatan Tumbuhan Obat Diabetes Melitus di Masyarakat
Etnis Simalungun Kabupaten Simalungun Provinsi Sumatera Utar. Jurnal Biologi,
Lingkungan, Industri, Kesehatan, 5(1), 59-71.
Sujatha, S., Anand, S., Sangeetha, K. N., Shilpa, K., Lakshmi, J., Balakrishnan, A., &
Lakshmi, B. S. 2010. Biological evaluation of (3β)-STIGMAST-5-EN-3-OL as
potent anti-diabetic agent in regulating glucose transport using in vitro model.
International Journal of Diabetes Mellitus, 2(2), 101–109.
Tjay, T., dan Rahardja, K. 2007. Obat-Obat Penting Edisi Enam. Jakarta: Elex Media
Komputindo.
Trott, O., dan Olson, A. J. 2011. Autodock Vina: Improving The Speed And Accuracy
Of Docking With A New Scoring Function, Efficient Optimization And
Multithreading. Journal Computation Chemical, 31(2), 455–461.
Utami, P., Lina M., Tim Penulis PS. 2013 . Umbi Ajaib: Tumpas Penyakit. Penebar
Swadaya Grup. Sumber :
https://books.google.co.id/books?id=bHqsCAAAQBAJ&printsec=frontcover&dq=
umbi+ajaib:+tumpas+penyakit&hl=id&sa=X&ved=0ahUKEwifrfnohqToAhVn7X
MBHXEuAEsQ6AEIKTAA#v=onepage&q=umbi%20ajaib%3A%20tumpas%20p
enyakit&f=false diakses 18 Maret 2020.
Wirahardikusumah, M. 1985. Biokimia: Metabolisme Energi, Karbohidrat, dan Lipid.
(1st ed.). Bandung: ITB.
Xue, G., Shalloway, D., & Pardalos, P. M. 1994. Optimization Methods for Computing
Global Mimima of Non convex Potential Energy Functions. Journal of Global
Optimization, 133, 117–133. 
Yuliana dan Tangking Widarsa. 2014. Penurunan Kadar Glukosa Darah dan Hitung Sel
Kupffer Tikus Hiperglikemik Setelah Pemberian Dekok Daun Salam. Jurnal
Veteriner, 15(4), 541–547.
citation:   Kaffah, Silmi dan Hariyanti, Hariyanti dan Rachmania, Rizky Arcinthya  (2020) SIMULASI PENAMBATAN MOLEKUL DAN DINAMIKA MOLEKUL SENYAWA PADA EKSTRAK DAUN SALAM (Syzigum polyanthum) TERHADAP ENZIM α-GLUKOSIDASE SEBAGAI ANTI DIABETES MELITUS TIPE II.  Bachelor thesis, Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA.   
document_url: http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/20443/1/FS03-210011.pdf