eprintid: 13848
rev_number: 8
eprint_status: archive
userid: 2319
dir: disk0/00/01/38/48
datestamp: 2022-09-10 08:50:04
lastmod: 2022-09-10 08:50:04
status_changed: 2022-09-10 08:50:04
type: thesis
metadata_visibility: show
creators_name: Hidayah Putri, Miftah
creators_name: Priyo Wahyudi, Priyo
creators_name: Fitri Yuniarti, Fitri
creators_id: fitri_yuniarti@uhamka.ac.id
creators_orcid: 0000-0002-9233-1557
creators_orcid: 0000-0002-9233-1557
title: Identifikasi Molekuler Menggunakan Gen 16s Rrna Pada Isolat Bakteri Endofit Daun Saga (Abrus Precatorius L.) Penghasil Antibakteri
ispublished: pub
subjects: RS
divisions: 48201
abstract: Bakteri endofit merupakan bakteri yang hidup pada jaringan tanaman dan memiliki kemampuan untuk menghasilkan senyawa bioaktif tanpa merugikan inangya. Senyawa bioaktif tersebut memiliki aktivitas biologis yang dapat dikembangkan sebagai sumber obat baru yang banyak digunakan seperti antibakteri. Isolat bakteri endofit daun saga (Abrus precatorius L.) dengan kode isolat BEDSS3 diketahui memiliki aktivitas antibakteri terhadap Staphylococcus aureus dan Eschericia coli. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis bakteri endofit penghasil antibakteri dari isolat daun saga (Abrus precatorius L.) menggunakan gen 16S rRNA. Isolasi DNA isolat bakteri BEDSS3 dilakukan dengan Wizard® Genomic DNA Purification Kit menghasilkan ±10.000 bp DNA genom. Amplifikasi terhadap gen 16S rRNA menggunakan primer 27f dan 1492r menghasilkan ±1500 bp amplikon. Sekuensing gen 16S rRNA terhadap isolat bakteri endofit BEDSS3 menghasilkan sekuens dengan daerah yang memiliki laju evolusi tinggi. Analisis pada pohon filogenetik menunjukkan bahwa bakteri endofit BEDSS3 memiliki kemiripan dengan Brevibacterium ammoniilyticum Strain A1 dengan tingkat kemiripan 97%.

Kata Kunci : bakteri endofit, gen 16S rRNA, PCR, sekuensing
date: 2022-04-09
date_type: completed
full_text_status: restricted
institution: Universitas Muhammadiyah  Dr  Hamka
department: Fakultas Farmasi Dan Sains
thesis_type: bachelor
thesis_name: bphil
referencetext: Agoes A. 2010. Tanaman Obat Indonesia. Buku 2. Salemba Medika. Jakarta. Hlm. 99.
Basri A. 2016. Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Endofit Tanaman Sarang Semut (Myrmecodia pendans). Skripsi. Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Alauddin. Makassar
Cabeen MT, Jacobs-Wagner C. 2005. Bacterial Cell Shape. Nature Review Microbiology. 3(8): 601-610.
Clarridge JE. 2004. Impact of 16S rRNA Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria on Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Journal Clinical Microbiology Reviews. (17): 840-862.
Dalimartha S. 2008. Atlas Tumbuhan Obat Indonesia. Jilid V. Pustaka Bunda. Jakarta. Hlm. 151.
Desriani, Safira UMP, Bintang M, Rivai A, Lisdiyanti P. 2014. Isolasi dan Karakteristik Bakteri Endofit dari Tanaman Binahong dan Ketepeng Cina. Jurnal kesehatan Andalas. 3(2): 89-93.
Dharmayanti NLPI. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. Jurnal Wartazoa. 21(1): 1-10.
Fatchiyah, Arumingtyas EL, Widyarti S, Rahayu S. 2011. Biologi Molekuler: Prinsip Dasar Analisa. Erlangga. Jakarta. Hlm. 22, 48-56, 112-115.
Hagstrom A, Pinhassi J, Zweifel UL. 2000. Biogeographical Diversity Among Marine Bacterioplankton. Quatic Microbial Ecology. 21: 231-244.
Hidayat T, Pancoro A. 2008. Ulasan Kajian Filogenetika Molekuler dan Peranannya dalam Menyediakan Informasi Dasar untuk Meningkatnya Kualitas Sumber Genetik Anggrek. Jurnal Agro Biogen. 4: 35-40
Hussain ZA, Kumaresan S. 2014. Phytochemical and Antimicrobial Evaluation of Abrus precatorius L. Journal of Plant Science and Research. 4(5): 10-14.
Janda JM, Abbott LS. 2007. Minireview: 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Identification in the Diagostic Laboratory: Pluses, Perils, and Pitfalls. Journal of Clinical Microbiology. 45(9): 2761-2764.
Kar A. 2013. Farmakognosi & Farmakobioteknologi. Edisi 2. Volume 1. Terjemahan: Manurung J, Syarief WR, Simanjuntak J. EGC. Jakarta. Hlm. 180.
Karamoko O. Karim T, Idrissa D, Adama C. 2012. Evaluation of The Antibacterial Activities of the Aqueous Extract, Alkaloids, and Flavonoids from Abrus precatorius Linn, (Fabaceae). Journal of Chemical and Pharmaceutical Research. 4(11): 4795-4799.

Kim J, Srinivasan S, You T, Bang JJ, Park S, Lee SS. 2013. Brevibacterium ammoniilyticum sp. Nov., An Ammonia-Degrading Bacterium Isolated from Sludge of A Wastewater Treatment Plant. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 63: 1111-1118.
Kumala S. 2014. Mikroba Endofit: Pemanfaatan Mikroba Endofit dalam Bidang Farmasi. PT ISFI Penerbitan. Jakarta. Hlm. 12-19.
Lestari P, Ristiawati A, Koh HJ. 2012. Identifikasi dan Aplikasi Marka Berbasis PCR untuk Identifikasi Varietas Padi dengan Palabilitas Tinggi. Jurnal Agro Biogen. 8(2): 69-77.
Misrahanum, Puteri CIA, Yulfizar C. 2017. Activity Test of Abrus precatorius L. Leaf Extract Against Clinical Streptococcus pneumoniae Growth. Jurnal Natural. 17(1): 58-63.
Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Edisi kedua. IPB Press. Bogor. Hlm. 28, 63, 70.
Ntushelo K. 2013. Identifying Bacteria and Studying Bacterial Diversity Using the 16S Ribosomal RNA Gene-Based Sequencing Techniques: A Review. African Journal of Microbiology Research. 7(49): 5533-5540.
Nugraha T, Roslim DI, Ardilla YP, Herman. 2014. Analysis of Partial Gene Sequence Ferritin2 on Rice Plants (Oryza sativa L.) Indragiri Hilir, Riau. Biosantifika. 6(2):99-103
Nurzakiyah. 2016. Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Endofit Caulerpa racemosa Serta Aktivitas Antibakterinya Terhadap Staphylococcus aureus dan Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Skripsi. Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Alauddin. Makassar
Pananjung AMS, Ulfa EU, Senjarini K, Arimurti S. 2015. Karakterisasi Isolat Bakteri Fibrinolitik Wu 021055* Asal Perairan Pantai Papuma, Jember. Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia. 2(1): 1-8.
Pangastuti A. 2006. Definisi Spesies Prokaryota Berdasarkan Urutan Basa Gen Penyandi 16S rRNA dan Gen Penyandi Protein. Jurnal Biodiversitas. 7(3): 292-296.
Pratita MYE, Putra SR. 2012. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Termofilik dari Sumber Mata Air Panas di Songgoriti Setelah Dua Hari Inkubasi. Jurnal Teknik Pomits. 1(1): 1-5.
Pratiwi R. 2001. Mengenal Metode Elektroforesis. Jurnal Oseana. 26(1): 25-31
Pratiwi RH, Hidayat I, Hanafi M, Mangunwardoyo W. 2016. Identification and Characterization of Three Endophytic Bacteria from Neesia altissima (Malvaceae) Antagonistic to Diarrhea-causing Bacteria. Malaysian Journal of Microbiology. 12(4): 300-307

Pratiwi ST. 2008. Mikrobiologi Farmasi. Erlangga. Jakarta. Hlm. 3
Promega Corporation. 2014. Wizard Genomic DNA Purification. USA
Radji M. 2005. Peran Bioteknologi dan Mikroba Endofit dalam Pengembangan Obat Herbal. Majalah Ilmu Kefarmasian. 2(3): 113-126.
Radji M. 2011. Rekayasa Genetika. Sagung Seto. Jakarta. Hlm. 27-29, 48-52, 61-62, 67-71.
Rahayu DA, Nugroho ED. 2015. Biologi Molekuler dalam Perspektif Konservasi. Plantaxia. Yogyakarta. Hlm. 40, 65, 80-81.
Ruby JE, Raghunath M. 2011. A Review: Bacterial Endophytes and Their Bioprospecting. Journal of Pharmacy Research. 4(3): 795-799.
Sambrook J, Russell DW. 2001. Molecular Cloning A laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press. New York.
Santoyo G, Hagelsieb GM, Mosqueda M, Glick BR. 2016. Review: Plant Growth-Promoting Bacterial Endophytes. Microbiological Research. 183: 92-99
Shourie A, Kalra K. 2013. Analysis of Phytochemical Constituent and Pharmacological Properties of Abrus precatorius L. International Journal of Pharmacy and Biological Sciences. 4(1): 91-101.
Stansfield WD, Colome JS, Cano RJ. 2006. Biologi Molekuler dan Sel. Terjemahan: Fahmi V. Erlangga. Jakarta. Hlm. 87
Strobel G, Daisy B, Castillo U. 2003. Bioprospecting for Microbial Endophytes and Their Natural Products. Microbiology and Biology Reviews. 67(4): 491-502.
Suhandono S, Kusumawardhani MK, Aditiawati P. 2016. Isolation and Molecular Identification of Endophytic Bacteria from Rambutan Fruits (Nephellium lappaceum L.) Cultivar Binjai. Journal of Biosciences. 23: 39-44.
Utami P. 2008. Buku Pintar Tanaman Obat: 431 Jenis Tanaman Penggempur Aneka penyakit. Agromedika Pustaka. Jakarta. Hlm. 214
Westermeier R. 2005. Article: Gel Electrophoresis. Encyclopedia of Life Sciences
Widodo R, Herdyastuti N. 2014. Penentuan Gen Penyandi 16S-rRNA Bakteri Kitinolitik dari Tambak Udang Lamongan. UNESA Journal of Chemistry. 3(1): 85-88.
Widyani S. 2017. Daya Antibakteri Senyawa Bioaktif Mikroba Endofit Daun Saga (Abrus precatorius L.) Terhadap Bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli Secara In Vitro. Skripsi. Fakultas Farmasi dan Sains Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA. Jakarta.
Woo PCY, Lau SKP, Teng JLL, Tse H, Yuen KY. 2008. Then and Now: Use of 16S rDNA Gene Sequencing for Bacterial Identification and Discovery of

Novel Bacteria in Clinical Microbiology Laboratories. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 14(10): 908-934.
Yilmaz M, Ozic C, Gok I. 2012. Gel Electrophoresis: Principle and Basics Edited by: Sameh Magdeldin. Intech. Croatia. Hlm. 36
Yuwono T. 2005. Biologi Molekular. Erlangga. Jakarta. Hlm. 35-36.
citation:   Hidayah Putri, Miftah dan Priyo Wahyudi, Priyo dan Fitri Yuniarti, Fitri  (2022) Identifikasi Molekuler Menggunakan Gen 16s Rrna Pada Isolat Bakteri Endofit Daun Saga (Abrus Precatorius L.) Penghasil Antibakteri.  Bachelor thesis, Universitas Muhammadiyah Dr Hamka.   
document_url: http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/13848/1/FFS_FARMASI_S03-190059_MIFTAH%20PUTRI%20HIDAYAH.pdf