HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA

Yeni, YenidanDaryono Hadi Tjahjono, Daryono HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA. HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA.

[img]
Preview
Text
189-73-6520-1-10-20190410.pdf

Download (1MB) | Preview

Abstract

Glioma merupakan jenis tumor otak ganas primer. Adanya glioma dapat ditandai dengan mutasi R132H pada Isocitrate dehydrogenase tipe 1 (IDH1). IDH1 (R132H) yang mengandung epitop imunogenik yang spesifik terhadap tumor dan cocok untuk dijadikan vaksin perlu diketahui strukturnya. Oleh karena itu, perlu dilakukan homology modeling epitop IDH1 (R132H). TMHMM, MEMSAT-SVM dan MEMSAT3 digunakan untuk memprediksi topologi transmembran IDH1 (R132H). Analisis epitop-epitop IDH1 (R132H) dilakukan menggunakan NetMHCII dan IEDB. Epitop-epitop hasil analisis diprediksi antigenisitasnya dengan menggunakan VaxiJen sehingga didapatkan 91 epitop. Homology modeling epitop-epitop yang memiliki kemungkinan sebagai antigen dilakukan dengan menggunakan Modeller, I-TASSER dan (PS)2. Hasil homology modeling epitopepitop IDH1 (R132H) divalidasi dengan MolProbity, ProSA-web dan QMEAN. Kemudian dipilih satu model 3D dari tiga model hasil homology modeling untuk setiap epitop dan dilakukan refinement pada struktur Epitop-1 sampai Epitop-91 dengan menggunakan GalaxyRefine dan GROMACS untuk minimisasi energi.

Item Type: Article
Subjects: Fakultas Agama Islam > R Medicine (General)
Fakultas Agama Islam > RS Pharmacy and materia medica
Divisions: Fakultas Keguruan & Ilmu Pendidikan > School of Medicine
Depositing User: Furqon furqon furqon
Date Deposited: 19 Dec 2019 05:49
Last Modified: 19 Dec 2019 05:49
URI: http://repository.uhamka.ac.id/id/eprint/788

Actions (login required)

View Item View Item